مطالعه پیوندهای هیدروژنی در جفت بازهای dna
پایان نامه
- وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی - دانشکده علوم
- نویسنده هنگامه فلاح
- استاد راهنما سیف اله جلیلی
- تعداد صفحات: ۱۵ صفحه ی اول
- سال انتشار 1389
چکیده
چکیده در این پایان نامه، خواص پیوندهای هیدروژنی در جفت بازهای dna (گوانین- سیتوزین و آدنین- تیمین) در حلال های آب، متانول و کلروفرم، با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مطالعه شدند و نتایج به دست آمده مقایسه شده و مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفتند. شبیه سازی های دینامیک مولکولی انجام شده نشان دادند که حلال های آب و متانول بر پیوندهای هیدروژنی جفت باز گوانین- سیتوزین، نسبت به جفت باز آدنین- تیمین، تأثیر بیش تری دارند. به این صورت که در سیستم های آدنین- تیمین در حلال های آب و متانول ساختارهای انباشته ی بیش تری مشاهده می-شود. در جفت باز گوانین- سیتوزین، محتمل ترین تعداد پیوندهای هیدروژنی بین جفت بازها، در حلال های آب و متانول صفر است. در آدنین- تیمین، محتمل ترین تعداد پیوند هیدروژنی در آب صفر است، اما در متانول این تعداد برابر با یک است. در حلال کلروفرم، پیوندهای هیدروژنی در طول شبیه سازی ها، برای هر دو جفت باز گوانین- سیتوزین و آدنین- تیمین نمی شکنند.
منابع مشابه
تخمین انرژی پیوند های هالوژنی مجزا در جفت بازهای dna
پیوند هالوژنی، برهمکنشی است که بین یک هالید (x) در یک مولکول (r?x) و یک جایگاه غنی از الکترون در نزدیکی باز لوئیس(y?r’) اتفاق می افتد. پیوند های هیدروژنی و هالوژنی خصوصیات مشابهی دارند. انرژی پیوند های هالوژنی مجزا ( exb) در آنالوگ های جفت باز های dna ( a-x-t، g-x-c) با استفاده از مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوند ها (bcp) بدست آمده از روش اتم ها در مولکول ها (aim) در سطحb3lyp/ 6-31g* ...
15 صفحه اولپیوندهای هیدروژنی درمایعات یونی ایمیدازولیوم
محاسبات از اساس بر روی کمپلکس های mim-bf4در فاز گازی، با استفاده از روش های dft(b3lyp)و mp2 با مجموعه پایه های 6-311++g(2d,2p)، 6-311++g(2df,2pd)، 6-311++g(3df,2pd)، aug-cc-pvdz و aug-cc-pvtz انجام شده است. ما چهار کمپلکس برروی سطوح انرژی پتانسیل بر همکنش بین bf4وmim یافته ایم. تحلیل اوربیتال پیوند طبیعی(nbo) و نظریه اتم در مولکول (aim) برای ارزیابی ماهیت برهمکنش ها در کمپلکس های mim-bf4 استفاد...
15 صفحه اولبررسی پیوند هیدروژنی بین مولکولی در بازهای آسیب دیده
اثر پروتونه شدن موقعیت n3 بر پیوندهای هیدروژنی بین مولکولی در زوج باز 8og:c در هم صورتهای آنتی-آنتی و سین-آنتی در دو فاز گاز و حلال بررسی شده است. انرژی و داده های ساختاری مربوط به این هم-صورتها در سطح نظری b3lyp/6-311++g(d,p) محاسبه شده است. در اثر پروتونه شدن، انرژی های هم-صورتهای آنتی-آنتی و سین-آنتی به ترتیب 73 و 67 درصد افزایش می یابد. در اثر پروتونه شدن، پیوندهای هیدروژنی که به عنوان دهند...
15 صفحه اولمطالعه پیوندهای هیدروژنی در زنجیره های پلی آلانین در نانوساختار آلفاهلیکس با بکارگیری نظریه تابعی چگالی
نظریه تابعی چگالی از جمله روش های مطالعه دستگاه های زیستی به شمار می آید. در این پایان نامه برآنیم که به مطالعه قدرت پیوند هیدروژنی در ساختار پلی آلانین آلفاهلیکس با استفاده از کد محاسباتی wien2k بپردازیم. آلانین از جمله آمینواسیدهایی است که تمایل زیادی برای قرارگرفتن در ساختار آلفاهلیکس از خود نشان می دهد. ساختار آلفاهلیکس را به این دلیل انتخاب کرده ایم که می توان اثر برهم کنش پپتید-پپتید را ب...
15 صفحه اولتخمین انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا در دیمرهای دارای چند پیوند هیدروژنی
انرژی پیوندهای هیدروژنی مجزا (ehb) در برخی از دیمرهای دارای چند پیوند هیدروژنی با استفاده از مقادیر چگالی الکترونی در نقاط بحرانی پیوندها (bcp) به دست آمده از روش اتم ها در ملکول ها (aim) و در سطوح نظری b3lyp/6-311++g** و mp2/6-311++g** محاسبه شده است. انرژی های به دست آمده در توافق خوبی با نتایج روش قبلی و هم چنین با نتایج حاصل از آنالیز اوربیتال پیوندی طبیعی (nbo) هستند. هم چنین اثر استخلاف ر...
15 صفحه اولمنابع من
با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید
ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده{@ msg_add @}
نوع سند: پایان نامه
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی - دانشکده علوم
کلمات کلیدی
میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com
copyright © 2015-2023